| POPULATION SCALE: EF-1a haplotypes | ||
| Haplotype | Frequency | Strain |
| 1 | 84 | LMK-211 |
| F5-163-L3 | ||
| F5-134-2-S4 | ||
| F5-129-L2 | ||
| F5-240-L4 | ||
| F5-210-L4 | ||
| F5-228-2-L4 | ||
| F5-178-L1 | ||
| F5-137-L3 | ||
| F5-169-S2 | ||
| F5-134-1-L2 | ||
| F5-206-S3 | ||
| F5-219-L2 | ||
| F5-238-S1 | ||
| F5-147-S2 | ||
| F5-169-S1 | ||
| F5-199-L1 | ||
| F5-141-L2 | ||
| F5-177-L3 | ||
| F5-216-L3 | ||
| F5-240-1-S3 | ||
| F1-31-L2 | ||
| F1-123-L2 | ||
| Ss-64 | ||
| Ss-30 | ||
| Ss-21 | ||
| Ss-4 | ||
| Ss-57 | ||
| Ss-49 | ||
| Ss-34 | ||
| Ss-38 | ||
| Ss-19 | ||
| Ss-9 | ||
| Ss-70 | ||
| Ss-83 | ||
| 689 | ||
| 728 | ||
| 795 | ||
| 796 | ||
| 825 | ||
| 828 | ||
| 838 | ||
| 840 | ||
| 842 | ||
| 846 | ||
| 850 | ||
| 851 | ||
| 852 | ||
| Lou-1-1 | ||
| Lou-2-5 | ||
| Lou-3-1 | ||
| Lou-3-4 | ||
| Lou-3-5 | ||
| Lou-5-4 | ||
| Lou-6-1 | ||
| PIP-1 | ||
| PIP-4 | ||
| TMC-2 | ||
| CLV-5 | ||
| PHL-1 | ||
| JAK-1 | ||
| LGN-1 | ||
| LGN-4 | ||
| REX-1 | ||
| REX-2 | ||
| TMO-1 | ||
| TMO-3 | ||
| MLN-5 | ||
| T-3 | ||
| T-4 | ||
| T-10 | ||
| TK | ||
| B-5 | ||
| B-6 | ||
| B-7 | ||
| C-3 | ||
| C-4 | ||
| C-6 | ||
| C-8 | ||
| C-9 | ||
| D-3 | ||
| D-6 | ||
| Lou-3-2 | ||
| Lou-3-3 | ||
| 2 | 138 | D-9 |
| D-10 | ||
| D-8 | ||
| D-7 | ||
| D-5 | ||
| D-4 | ||
| D-2 | ||
| D-1 | ||
| C-10 | ||
| C-7 | ||
| C-5 | ||
| C-2 | ||
| C-1 | ||
| B-10 | ||
| B-9 | ||
| F5-223-L2 | ||
| F2-59-L2 | ||
| Ss-6 | ||
| Ss-81 | ||
| Ss-36 | ||
| Ss-68 | ||
| Ss-1 | ||
| Ss-13 | ||
| Ss-61 | ||
| Ss-72 | ||
| 724 | ||
| 807 | ||
| 814 | ||
| 820 | ||
| 829 | ||
| 844 | ||
| 848 | ||
| 858 | ||
| Lou-5-1 | ||
| CS | ||
| TMC-1 | ||
| CLV-2 | ||
| LGN-3 | ||
| LES-2 | ||
| MRV-1 | ||
| TMO-5 | ||
| T-18 | ||
| B-8 | ||
| B-4 | ||
| B-3 | ||
| Nor-1-3 | ||
| Nor-2-1 | ||
| Nor-2-2 | ||
| Nor-2-3 | ||
| Nor-3-2 | ||
| Nor-3-3 | ||
| Nor-4-1 | ||
| Nor-4-2 | ||
| Nor-4-3 | ||
| Nor-6-1 | ||
| Nor-6-2 | ||
| Nor-6-3 | ||
| A-1 | ||
| B-1 | ||
| B-2 | ||
| Nor-1-2 | ||
| Nor-1-1 | ||
| T-17 | ||
| T-12 | ||
| T-16 | ||
| F5-205-S3 | ||
| F5-164-L2 | ||
| F5-219-S1 | ||
| F5-206-S2 | ||
| F5-211-S1 | ||
| F5-148-L1 | ||
| F5-213-L1 | ||
| F5-245-S1 | ||
| F5-142-L1 | ||
| F5-146-S1 | ||
| F5-141-L3 | ||
| F5-154-S2 | ||
| F5-207-L2 | ||
| F1-100-L2 | ||
| Ss-62 | ||
| Ss-80 | ||
| Ss-88 | ||
| Ss-10 | ||
| Ss-89 | ||
| Ss-41 | ||
| Ss-51 | ||
| Ss-45 | ||
| Ss-2 | ||
| 801 | ||
| 812 | ||
| 819 | ||
| 827 | ||
| 837 | ||
| 847 | ||
| 857 | ||
| 865 | ||
| SC-1 | ||
| PIP-2 | ||
| CLV-1 | ||
| JAK-4 | ||
| LES-1 | ||
| REX-4 | ||
| MRV-4 | ||
| GNV-1 | ||
| GNV-3 | ||
| GNV-4 | ||
| T-2 | ||
| T-11 | ||
| T-6 | ||
| MLN-3 | ||
| MLN-1 | ||
| MRV-2 | ||
| LES-3 | ||
| JAK-5 | ||
| PHL-2 | ||
| TMC-4 | ||
| MUL | ||
| Lou-5-5 | ||
| 861 | ||
| 854 | ||
| 845 | ||
| 832 | ||
| 822 | ||
| 816 | ||
| 810 | ||
| 727 | ||
| Ss-71 | ||
| Ss-84 | ||
| Ss-18 | ||
| Ss-12 | ||
| Ss-79 | ||
| Ss-47 | ||
| Ss-87 | ||
| Ss-82 | ||
| Nor-3-1 | ||
| F5-240-4-L1 | ||
| F5-156-S1 | ||
| F5-145-L3 | ||
| 3 | 2 | 729 |
| 815 | ||
| 4 | 5 | F5-223-S2 |
| F5-134-1-L1 | ||
| F5-213-S1 | ||
| BLA | ||
| T-7 | ||
| 5 | 2 | 804 |
| 824 | ||
| 6 | 45 | Ss-54 |
| Ss-77 | ||
| Ss-43 | ||
| 680 | ||
| 797 | ||
| 798 | ||
| 799 | ||
| 800 | ||
| 802 | ||
| 803 | ||
| 805 | ||
| 806 | ||
| 808 | ||
| 809 | ||
| 811 | ||
| 817 | ||
| 818 | ||
| 821 | ||
| 823 | ||
| 826 | ||
| 830 | ||
| 831 | ||
| 833 | ||
| 834 | ||
| 835 | ||
| 836 | ||
| 839 | ||
| 841 | ||
| 843 | ||
| 849 | ||
| 853 | ||
| 855 | ||
| 856 | ||
| 860 | ||
| Lou-2-1 | ||
| Lou-2-4 | ||
| Lou-4-1 | ||
| Lou-4-4 | ||
| Lou-4-5 | ||
| Lou-5-2 | ||
| Lou-5-3 | ||
| Lou-2-2 | ||
| Lou-2-3 | ||
| Lou-4-2 | ||
| Lou-4-3 | ||
| 7 | 1 | 813 |
| 8 | 5 | W1-A1-1 |
| W1-A3-1 | ||
| W1-A3-3 | ||
| W1-A5-1 | ||
| W1-A5-4 | ||
| 9 | 33 | IC-169 |
| IC-170 | ||
| IC-171 | ||
| IC-172 | ||
| IC-174 | ||
| IC-175 | ||
| IC-178 | ||
| IC-179 | ||
| IC-180 | ||
| IC-186 | ||
| IC-189 | ||
| IC-190 | ||
| IC-192 | ||
| IC-193 | ||
| IC-194 | ||
| IC-212 | ||
| IC-213 | ||
| IC-215 | ||
| IC-251 | ||
| IC-255 | ||
| IC-258 | ||
| IC-259 | ||
| IC-260 | ||
| IC-327 | ||
| IC-328 | ||
| IC-329 | ||
| IC-341 | ||
| IC-347 | ||
| IC-348 | ||
| S1-A5-2 | ||
| S3-A5-2 | ||
| W3-A3-2 | ||
| W3-A3-5 | ||
| 10 | 25 | IC-236 |
| IC-238 | ||
| IC-239 | ||
| IC-271 | ||
| IC-273 | ||
| IC-276 | ||
| IC-277 | ||
| IC-278 | ||
| IC-284 | ||
| IC-286 | ||
| IC-288 | ||
| S1-A3-1 | ||
| S1-A3-2 | ||
| S3-A4-1 | ||
| S3-A4-2 | ||
| S6-A4-1 | ||
| S6-A4-2 | ||
| S6-A2-2 | ||
| S6-A2-5 | ||
| W2-A3-4 | ||
| W2-A3-5 | ||
| W2-A4-4 | ||
| W2-A4-5 | ||
| W3-A1-3 | ||
| W3-A1-5 | ||
| 11 | 1 | IC-264 |