| POPULATION SCALE: IGS haplotypes | |||
| Haplotype | Frequency | Strain | IGS length (bp) |
| 1 | 22 | F5-169-S2 | 4047 |
| F5-177-L3 | 4047 | ||
| F5-163-L3 | 4047 | ||
| F5-156-S1 | 4047 | ||
| F5-137-L3 | 4047 | ||
| F5-134-2-S4 | 4047 | ||
| F5-134-1-L2 | 4047 | ||
| F5-129-L2 | 4047 | ||
| F5-178-L1 | 4047 | ||
| F5-199-L1 | 4047 | ||
| LMK-211 | 4047 | ||
| B-5 | 4047 | ||
| B-6 | 4047 | ||
| B-7 | 4047 | ||
| C-3 | 4047 | ||
| C-4 | 4047 | ||
| C-6 | 4047 | ||
| C-9 | 4047 | ||
| D-3 | 4047 | ||
| D-6 | 4047 | ||
| F1-31-L2 | 4047 | ||
| T-4 | 4047 | ||
| 2 | 24 | F5-164-L2 | 4044 |
| F5-205-S3 | 4044 | ||
| F5-207-L2 | 4044 | ||
| F5-219-S1 | 4044 | ||
| F5-240-4-L1 | 4044 | ||
| MLN-1 | 4044 | ||
| MLN-5 | 4044 | ||
| LGN-4 | 4044 | ||
| LES-3 | 4044 | ||
| LES-2 | 4044 | ||
| LES-1 | 4044 | ||
| JAK-1 | 4044 | ||
| GNV-3 | 4044 | ||
| CLV-5 | 4044 | ||
| CLV-2 | 4044 | ||
| MRV-1 | 4044 | ||
| MRV-2 | 4044 | ||
| MRV-4 | 4044 | ||
| SC-1 | 4044 | ||
| TMO-1 | 4044 | ||
| PIP-1 | 4044 | ||
| PHL-1 | 4044 | ||
| F1-100-L2 | 4044 | ||
| T-6 | 4044 | ||
| 3 | 32 | F5-134-1-L1 | 4057 |
| F5-142-L1 | 4057 | ||
| F5-145-L3 | 4057 | ||
| F5-147-S2 | 4057 | ||
| F5-148-L1 | 4057 | ||
| F5-154-S2 | 4057 | ||
| F5-240-L4 | 4057 | ||
| F5-245-S1 | 4057 | ||
| F5-240-1-S3 | 4057 | ||
| F5-238-S1 | 4057 | ||
| F5-228-2-L4 | 4057 | ||
| F5-223-S2 | 4057 | ||
| F5-219-L2 | 4057 | ||
| F5-216-L3 | 4057 | ||
| F5-213-S1 | 4057 | ||
| F5-213-L1 | 4057 | ||
| F5-211-S1 | 4057 | ||
| F5-210-L4 | 4057 | ||
| F5-206-S3 | 4057 | ||
| F5-206-S2 | 4057 | ||
| Nor-3-3 | 4057 | ||
| BLA | 4057 | ||
| CLV-1 | 4057 | ||
| GNV-1 | 4057 | ||
| JAK-4 | 4057 | ||
| JAK-5 | 4057 | ||
| MLN-3 | 4057 | ||
| MUL | 4057 | ||
| PHL-2 | 4057 | ||
| REX-4 | 4057 | ||
| TMO-5 | 4057 | ||
| F5-141-L3 | 4057 | ||
| 4 | 50 | F1-123-L2 | 4031 |
| F2-59-L2 | 4031 | ||
| F5-141-L2 | 4031 | ||
| F5-146-S1 | 4031 | ||
| F5-169-S1 | 4031 | ||
| Nor-1-1 | 4031 | ||
| Nor-1-2 | 4031 | ||
| Nor-1-3 | 4031 | ||
| Nor-2-1 | 4031 | ||
| Nor-2-2 | 4031 | ||
| Nor-2-3 | 4031 | ||
| Nor-3-2 | 4031 | ||
| Nor-6-2 | 4031 | ||
| Nor-6-3 | 4031 | ||
| Nor-6-1 | 4031 | ||
| Nor-4-3 | 4031 | ||
| Nor-4-1 | 4031 | ||
| CS | 4031 | ||
| GNV-4 | 4031 | ||
| LGN-1 | 4031 | ||
| LGN-3 | 4031 | ||
| PIP-2 | 4031 | ||
| PIP-4 | 4031 | ||
| REX-1 | 4031 | ||
| REX-2 | 4031 | ||
| TMC-1 | 4031 | ||
| TMC-2 | 4031 | ||
| TMC-4 | 4031 | ||
| TMO-3 | 4031 | ||
| A-1 | 4031 | ||
| B-1 | 4031 | ||
| B-10 | 4031 | ||
| B-2 | 4031 | ||
| B-3 | 4031 | ||
| B-4 | 4031 | ||
| D-10 | 4031 | ||
| D-2 | 4031 | ||
| D-1 | 4031 | ||
| C-7 | 4031 | ||
| C-5 | 4031 | ||
| C-2 | 4031 | ||
| C-10 | 4031 | ||
| B-8 | 4031 | ||
| D-4 | 4031 | ||
| D-5 | 4031 | ||
| D-7 | 4031 | ||
| D-8 | 4031 | ||
| D-9 | 4031 | ||
| Nor-3-1 | 4031 | ||
| T-7 | 4031 | ||
| 5 | 22 | IC-170 | 4003 |
| IC-171 | 4003 | ||
| IC-172 | 4003 | ||
| IC-174 | 4003 | ||
| IC-175 | 4003 | ||
| IC-178 | 4003 | ||
| IC-179 | 4003 | ||
| IC-180 | 4003 | ||
| IC-186 | 4003 | ||
| IC-189 | 4003 | ||
| IC-190 | 4003 | ||
| IC-192 | 4003 | ||
| IC-193 | 4003 | ||
| IC-194 | 4003 | ||
| IC-212 | 4003 | ||
| IC-213 | 4003 | ||
| IC-215 | 4003 | ||
| IC-251 | 4003 | ||
| IC-255 | 4003 | ||
| IC-347 | 4003 | ||
| IC-348 | 4003 | ||
| IC-169 | 4003 | ||
| 6 | 5 | IC-238 | 4030 |
| IC-239 | 4030 | ||
| IC-271 | 4030 | ||
| IC-273 | 4030 | ||
| IC-236 | 4030 | ||
| 7 | 7 | IC-329 | 4030 |
| IC-341 | 4030 | ||
| IC-328 | 4030 | ||
| IC-327 | 4030 | ||
| IC-260 | 4030 | ||
| IC-259 | 4030 | ||
| IC-258 | 4030 | ||
| 8 | 6 | IC-277 | 4030 |
| IC-278 | 4030 | ||
| IC-284 | 4030 | ||
| IC-286 | 4030 | ||
| IC-288 | 4030 | ||
| IC-276 | 4030 | ||
| 9 | 2 | IC-264 | 4031 |
| W1-A1-1 | 4031 | ||
| 10 | 8 | S1-A3-1 | 4024 |
| S1-A3-2 | 4024 | ||
| W3-A1-3 | 4024 | ||
| W3-A1-5 | 4024 | ||
| W2-A4-5 | 4024 | ||
| W2-A4-4 | 4024 | ||
| W2-A3-5 | 4024 | ||
| W2-A3-4 | 4024 | ||
| 11 | 2 | S1-A5-2 | 3997 |
| S3-A5-2 | 3997 | ||
| 12 | 6 | S3-A4-1 | 4024 |
| S3-A4-2 | 4024 | ||
| S6-A2-2 | 4024 | ||
| S6-A2-5 | 4024 | ||
| S6-A4-1 | 4024 | ||
| S6-A4-2 | 4024 | ||
| 13 | 2 | W3-A3-5 | 4024 |
| W3-A3-2 | 4024 | ||
| 13-1 | 4 | W1-A3-1 | 4032 |
| W1-A3-3 | 4032 | ||
| W1-A5-1 | 4032 | ||
| W1-A5-4 | 4032 | ||
| 14 | 3 | B-9 | 4046 |
| C-1 | 4046 | ||
| C-8 | 4046 | ||
| 15 | 16 | Lou-3-4 | 3901 |
| Lou-3-5 | 3901 | ||
| 680 | 3901 | ||
| 803 | 3901 | ||
| 804 | 3901 | ||
| 805 | 3901 | ||
| 823 | 3901 | ||
| 828 | 3901 | ||
| 833 | 3901 | ||
| 842 | 3901 | ||
| 831 | 3901 | ||
| 844 | 3901 | ||
| 860 | 3901 | ||
| Ss-2 | 3901 | ||
| Ss-21 | 3901 | ||
| Ss-57 | 3901 | ||
| 16 | 3 | Lou-3-2 | 3901 |
| Lou-3-3 | 3901 | ||
| Ss-43 | 3901 | ||
| 17 | 1 | Lou-5-3 | 3901 |
| 18 | 19 | Lou-1-1 | 3887 |
| Lou-2-5 | 3887 | ||
| Lou-3-1 | 3887 | ||
| 800 | 3887 | ||
| 824 | 3887 | ||
| 826 | 3887 | ||
| 813 | 3887 | ||
| 811 | 3887 | ||
| 809 | 3887 | ||
| 834 | 3887 | ||
| 836 | 3887 | ||
| 839 | 3887 | ||
| Ss-49 | 3887 | ||
| Ss-54 | 3887 | ||
| Ss-4 | 3887 | ||
| Ss-38 | 3887 | ||
| Ss-34 | 3887 | ||
| Ss-19 | 3887 | ||
| Ss-77 | 3887 | ||
| 19 | 11 | Lou-2-1 | 4029 |
| Lou-2-2 | 4029 | ||
| Lou-2-3 | 4029 | ||
| Lou-2-4 | 4029 | ||
| 806 | 4029 | ||
| 807 | 4029 | ||
| 802 | 4029 | ||
| 799 | 4029 | ||
| 798 | 4029 | ||
| Ss-12 | 4029 | ||
| Ss-41 | 4029 | ||
| 20 | 1 | Lou-5-4 | 4024 |
| 21 | 9 | Lou-5-2 | 4046 |
| 689 | 4046 | ||
| 820 | 4046 | ||
| 821 | 4046 | ||
| 822 | 4046 | ||
| 840 | 4046 | ||
| 848 | 4046 | ||
| 854 | 4046 | ||
| T-10 | 4046 | ||
| 21-1 | 2 | 724 | 4121 |
| 795 | 4121 | ||
| 21-2 | 1 | 810 | 4046 |
| 22 | 7 | Lou-4-1 | 4045 |
| Lou-4-2 | 4045 | ||
| Lou-4-3 | 4045 | ||
| Lou-4-5 | 4045 | ||
| T-17 | 4045 | ||
| T-18 | 4045 | ||
| T-16 | 4045 | ||
| 23 | 1 | Lou-4-4 | 4045 |
| 24 | 2 | Lou-5-5 | 4045 |
| Lou-6-1 | 4045 | ||
| 25 | 5 | Lou-5-1 | 4045 |
| 849 | 4045 | ||
| 856 | 4045 | ||
| 861 | 4045 | ||
| 855 | 4045 | ||
| 26 | 4 | 728 | 3901 |
| 830 | 3901 | ||
| 835 | 3901 | ||
| 858 | 3901 | ||
| 27 | 2 | 797 | 4225 |
| 815 | 4225 | ||
| 28 | 16 | 729 | 4024 |
| 796 | 4024 | ||
| 838 | 4024 | ||
| 841 | 4024 | ||
| 850 | 4024 | ||
| 851 | 4024 | ||
| 852 | 4024 | ||
| Ss-30 | 4024 | ||
| Ss-88 | 4024 | ||
| Ss-9 | 4024 | ||
| Ss-87 | 4024 | ||
| Ss-84 | 4024 | ||
| Ss-83 | 4024 | ||
| Ss-81 | 4024 | ||
| Ss-80 | 4024 | ||
| Ss-64 | 4024 | ||
| 29 | 7 | 808 | 4046 |
| 817 | 4046 | ||
| 818 | 4046 | ||
| 829 | 4046 | ||
| 837 | 4046 | ||
| 843 | 4046 | ||
| 853 | 4046 | ||
| 30 | 1 | 727 | 4046 |
| 31 | 1 | 801 | 4045 |
| 32 | 1 | 825 | 4024 |
| 33 | 7 | 812 | 4045 |
| 814 | 4045 | ||
| 816 | 4045 | ||
| 819 | 4045 | ||
| 827 | 4045 | ||
| 832 | 4045 | ||
| 857 | 4045 | ||
| 34 | 1 | 846 | 3901 |
| 35 | 1 | 845 | 4024 |
| 36 | 5 | 847 | 4043 |
| F5-223-L2 | 4043 | ||
| Ss-71 | 4043 | ||
| T-3 | 4043 | ||
| TK | 4043 | ||
| 36-1 | 1 | T-2 | 4045 |
| 37 | 10 | Ss-1 | 4046 |
| Ss-10 | 4046 | ||
| Ss-13 | 4046 | ||
| Ss-18 | 4046 | ||
| Ss-47 | 4046 | ||
| Ss-51 | 4046 | ||
| Ss-61 | 4046 | ||
| Ss-68 | 4046 | ||
| Ss-79 | 4046 | ||
| Ss-89 | 4046 | ||
| 37-1 | 1 | Ss-45 | 4045 |
| 37-2 | 4 | Ss-6 | 4121 |
| Ss-62 | 4121 | ||
| Ss-72 | 4121 | ||
| Ss-82 | 4121 | ||
| 38 | 1 | Nor-4-2 | 4031 |
| 39 | 1 | 865 | 4031 |
| 40 | 2 | Ss-36 | 4046 |
| Ss-70 | 4046 | ||
| 41 | 2 | T-11 | 4024 |
| T-12 | 4024 | ||